Ancora molto discusse sono le origini del nome del Mar Egeo; secondo alcuni studiosi, infatti, il nome deriverebbe dal nome della città greca di Aigai o Ege, altri suppongono che derivi invece da Egea, nota regina amazzone morta nelle acque di questo mare. Un ulteriore possibilità è data dal nome del famoso re ateniese Egeo, gettatosi in mare dopo aver avvistato le vele nere del figlio Teseo.

Se le ipotesi e le supposizioni sul nume di questo mare continuano a sorgere numerose, non vi sono invece dubbi sull'origine fisica dell'Egeo: l'odierna linea di costa si sarebbe infatti originata attorno al 4000 a.C., molto tempo dopo il picco dell'ultima era glaciale. I 130 metri di profondità sottratti dalla grande glaciazione, infatti, avrebbero mantenuto libere, per molti secoli, ampie strisce di pianure costiere ed avrebbero anche lasciato scoperte numerosi collegamenti via terra con le isole. Quando gli uomini si insediarono in questi luoghi, infatti, molte delle odierne isole dell'Egeo erano ancora collegate con la terraferma, fattore che avrebbe quindi permesso la colonizzazzione anche di quelle che oggi sono isole.

Nei secoli successivi, le popolazioni che colonizzarono le coste dell'Egeo e che solcarono le sue acque diedero vita al termine generale di "civiltà egea" con il quale venivano indicate le diverse civiltà che popolarono il grande Mare Bianco (nome con il quale il Mar Egeo viene indicato dai Bulgari). Tra tuttte, si distinsero però due civiltà: quella minoica, originaria dell'isola di Creta e quella micenea, stabilitasi nel Peloponneso. Sorsero poi le grandi città stato di Sparta ed Atene, pilastri della civiltà ellenica, composta da esperti navigatori, studiosi, filosofi e matematici come una grande culla della civiltà e dello splendore.

Il Mar Egeo, in cui la vita ed i commerci brulicavano ricchi di vita e prosperità, divenne dunque, nel corso dei secoli, un'area di contesa: dapprima vi furono i persiani, poi i romani ed, in seguito, bizantini, veneziani, turchi ed ottomani. In questo modo, nel corso di tutti i decenni ed i secoli, il Mar Egeo rappresentò il crocevia delle rotte navali di tutte le civiltà del Mediterraneo orientale.